La Institución Educativa San Mateo desde el año 2008 adelanta un trabajo por fases que involucra un agrupamiento de los estudiantes por características y condiciones. Estas fases son:
Corresponde a la fase de Sensibilización y agrupa los estudiantes de los grados cero, primero y segundo. Esta fase funciona en la sede Mariscal Sucre.
Corresponde a la fase de Exploración y corresponde a los estudiantes de los grados tercero, cuarto, quinto y sexto de educación basica. Funciona en la jornada tarde de la sede principal.
Es la fase de Fundamentación y agrupa los estudiantes de los grados séptimo, octavo y noveno. Funciona en la jornada mañana de la sede principal.
Son los estudiantes de Profundización y agrupa a los estudiantes de media vocacional (grados décimo y undécimo). Funciona en la jornada mañana de la sede principal.